जब रोकथाम विफल हो जाती है और बीमारी हो जाती है तो उपचार अपनाया जाता है। यह मुख्य रूप से पर आधारित हैहेटरोथेरेपी ('इलाज बिल-सिद्द'). रोग, जो एक असामान्य स्वभाव के उद्भव के बराबर है, का उपचार दवाओं और गैर-औषधीय कारकों को विपरीत स्वभाव के साथ लागू करके किया जाता है। चूंकि, पर्यावरणीय कारक, आहार औरसममानसिक स्थिति आदि या तो स्वयं एक स्वभाव रखते हैं या स्वभाव को प्रभावित करते हैं, यूनानी चिकित्सा पद्धति इस सहसंबंध के आधार पर इन गैर-दवा कारकों का बहुत बार और व्यापक रूप से उपयोग करती है। यूनानी चिकित्सा पद्धति ने कुछ विशिष्ट औषध प्रभावों की भी खोज की है, जो एसेंस (Ṣūrat Naw'iyya) से उत्पन्न होते हैं, न कि गुणों (स्वभाव) से। इसलिए, यह इन विशिष्ट दवाओं (Adwiya Dhū al-Kāṣṣa) का भी उपयोग करता है, विशेष रूप से गंभीर बीमारियों में, क्योंकि ये दवाएं आम तौर पर अधिक शक्तिशाली होती हैं। यूनानी चिकित्सा पद्धति में नेत्र विज्ञान, स्त्री रोग और प्रसूति संबंधी सर्जरी सहित सर्जरी ('इलाज बिल-याद) का भी उपयोग किया जाता है।

इस प्रकार,यूनानीचिकित्सा प्रणाली उपचार के निम्नलिखित तरीकों का वर्णन करती है:

​

 

1. इलाजीबिलीतदबीर(रेजिमेन थेरेपी),

2. इलाजीबिलीघिधा' (आहार चिकित्सा),

3. इलाजीबिलीदावा' (फार्माकोथेरेपी)

4. इलाजी बिलीYad (शल्य चिकित्सा)

​

आहार चिकित्सा के साथ-साथ रेजिमेनल थेरेपी स्वास्थ्य को बढ़ावा देने और बीमारी के उपचार के लिए सबसे अच्छा तरीका माना जाता है। यूनानी चिकित्सा पद्धति ने भी मनश्चिकित्सीय उपचार के महत्व पर बल दिया है('इलाज नफ्सानी)विभिन्न रोगों के प्रबंधन में। सर्जिकल हस्तक्षेप और प्रक्रियाओं को विस्तृत रूप से वर्णित किया जाता है और उन स्थितियों में अभ्यास किया जाता है, जो दवा उपचार के लिए उत्तरदायी नहीं हैं।